Les allergies de contact à l'aciclovir sont rares. Une sensibilisation est possible aux excipients contenus dans les crèmes à l'aciclovir (propylène glycol et sodium lauryl sulfate), d'où la nécessité parfois de réaliser un bilan allergologique par tests cutanés. Des réactions cutanées généralisées, notamment à type d'urticaire, de vascularite... sont possibles après la prise d'aciclovir par voie orale ou IV. Des réactions croisées entre aciclovir, valaciclovir et famciclovir ont été décrites.