A l'état normal, lors de la déglutition, l'oesophage se contracte par vagues pour faire avancer le bol alimentaire (transit oesophagien) vers l'estomac. Dans l'achalasie, les contractions ne se font pas ou se font mal, ce qui retarde la progression des aliments ou des médicaments (du fait de l'acidité ou du caractère irritant de certains d'entre-eux, le contact avec la muqueuse oesophagienne doit être le plus bref possible. Un ralentissement du transit oesophagien peut contre-indiquer la prescription de ces médicaments)