Plusieurs mois après le foyer épidémique sur le navire MV Hondius, à l'origine d'une alerte sanitaire mondiale au printemps, une étude internationale affine jeudi les connaissances au sujet d'un hantavirus qui n'a pas muté pour devenir plus transmissible et dont la propagation est restée limitée. 

"Ce qui est inédit, c’est la combinaison du contexte de transmission avec la dispersion internationale de personnes exposées, qui a nécessité une coordination internationale d’enquêtes épidémiologiques et génomiques", expose à l'AFP Virginie Sauvage, responsable du Centre français de référence des hantavirus à l'Institut Pasteur, l'une des scientifiques ayant mené ce travail paru dans la revue Science.

Au total, l'épisode d'hantavirus né sur le navire néerlandais en avril a été associé à 13 cas, dont trois mortels. Il a été déclaré formellement clos début juillet par l'Organisation mondiale de la Santé (OMS), aucun cas n'ayant été recensé depuis fin mai.

Pour mieux le comprendre, des institutions de sept pays ont travaillé ensemble, en collaboration avec leurs collègues chiliens et argentins, notamment pour séquencer le génome du virus à partir d'échantillons de dix passagers et membres d’équipage. 

Après avoir établi une sorte de carte d'identité moléculaire, les chercheurs ont conclu qu'ils avaient affaire à un hantavirus très proche de souches Andes circulant dans la zone d’endémie au Chili et en Argentine.

- Faible diversité génétique -

En comparant les séquences génétiques de différents malades, ils ont également pu étudier d'éventuelles mutations, explorer les liens entre les cas et le scénario de transmissions à bord du navire. 

La validation croisée des données a permis d'écarter huit mutations génétiques apparentes, en réalité dues à des facteurs techniques, soulignant l'importance d'un tel contrôle. Au final, les génomes viraux analysés ont une très faible diversité génétique. 

Tout cela conforte l'hypothèse d'un évènement unique de saut d’espèce du virus Andes depuis son réservoir animal vers le cas humain originel, puis d’une transmission interhumaine très limitée sur le bateau, concluent les scientifiques. 

Aucune mutation connue pour être associée à une transmissibilité ou une virulences accrues du hantavirus Andes n’ont été retrouvées. 

"Une seule mutation caractéristique de ce cluster a été retrouvée, mais son impact potentiel est à ce jour inconnu", selon Sarah Temmam, responsable du Pôle de Génotypage des Pathogènes de la cellule d’intervention biologique d’urgence à Pasteur.

Si les données génétiques permettent de rattacher le virus à un lignage connu, elles ne dévoilent pas précisément comment a été contaminé le "patient zéro". "Des incertitudes demeurent sur le lieu et la date" et "sur le mode de transmission environnementale du virus", ont résumé Virginie Sauvage et Sarah Temmamm.

Les auteurs préconisent désormais un séquençage plus étendu de l’hantavirus Andes chez les humains infectés et rongeurs hôtes, surtout dans les zones d'Argentine et du Chili fréquentées par les premiers contaminés avant leur embarquement.

- "Menace pour tous" -

Des analyses complémentaires sur les anciens passagers et membres d'équipage seraient aussi nécessaires, selon eux, pour comprendre plus précisément la transmission sur le MV Hondius, mieux évaluer la létalité et la virulence de la souche présente.

Dans tous les cas, souligne Virginie Sauvage, "le virus Andes ne présente pas, à ce jour, un potentiel pandémique comparable à celui du SARS-CoV-2", à l'origine du Covid-19, car il ne "possède pas les mêmes caractéristiques de transmission aéroportée efficace, permettant une diffusion interhumaine rapide et à grande échelle".

Au-delà, l'enquête met en évidence l'apport du séquençage génomique pour enrichir les connaissances sur les virus, notamment d'origine animale.

La caractérisation rapide de l'hantavirus a aussi permis de "répondre aux inquiétudes du public et de contrer les spéculations concernant un virus +muté+ ou créé artificiellement", note l'étude.

L'épisode illustre, selon les auteurs de l'étude, la nécessité de diffuser à un maximum de partenaires internationaux les capacités de diagnostic, de séquençage et de partage rapide des données pour réagir rapidement à l’avenir, quel que soit l’endroit où un virus émergera.

L'épidémie d'hantavirus comme celle d'Ebola, à l'origine de plusieurs milliers de morts depuis mai, rappellent qu'"une menace pathogène, où qu'elle se manifeste, peut devenir une menace pour tous", a souligné début novembre le chef de l'OMS Tedros Adhanom Ghebreyesus.